بررسی ساختارهای جوامع و خرده جوامع دامی به روش خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم

نویسندگان

جواد رحمانی نیا

سید رضا میرائی آشتیانی

حسین مرادی شهربابک

چکیده

رشد روزافزون اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ نمونه ها به ویژه با استفاده از توالی یابی چندشکلی های تک نوکلئوتیدی (snp) سبب تحول در تجزیه وتحلیل دقیق ساختار جوامع در گونه های مختلف شده است. تاکنون از روش های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود در کل ژنوم استفاده شده است که هرکدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در بررسی حاضر از خوشه بندی شبکه ای بدون نظارت یا spc که روشی مبتنی بر داده کاوی است، برای بررسی ساختار جوامع شبیه سازی شده و کشف خرده جوامع موجود استفاده شد. هدف از به کاربردن این روش، دستیابی به ساختار جمعیتی بدون هیچ گونه آگاهی از اطلاعات شجره ای افراد بود. در شبیه سازی انجام گرفته بدین منظور پس از ویرایش داده ها، 29209 نشانگر اتوزومی از 159 دام، تجزیه وتحلیل شدند. نتایج نشان داد که حیوانات براساس شباهت ها و تفاوت ها به خوبی در جوامع مربوطه قرارگرفتند و خرده جوامع موجود نیز درون هر جمعیت نمایان شدند. مزیت اصلی این روش، کارایی محاسباتی بالا و نیازنبودن به فرض های پیشین در آن است؛ بنابراین به محقق این امکان را می دهد که ساختار جوامع متشکل از هزاران حیوان را بدون داشتن هرگونه اطلاعاتی از شجره و نژاد، تجزیه وتحلیل کند.

برای دانلود باید عضویت طلایی داشته باشید

برای دانلود متن کامل این مقاله و بیش از 32 میلیون مقاله دیگر ابتدا ثبت نام کنید

اگر عضو سایت هستید لطفا وارد حساب کاربری خود شوید

منابع مشابه

بررسی ساختارهای جوامع و خرده جوامع دامی به روش خوشه‌بندی شبکه‌ای بدون نظارت با استفاده از نشانگرهای ژنتیکی متراکم

رشد روزافزون اطلاعات حاصل از تعیین ژنوتیپ نمونه‌ها به‌ویژه با استفاده از توالی‌یابی چندشکلی‌های تک‌نوکلئوتیدی (SNP) سبب تحول در تجزیه‌وتحلیل دقیق ساختار جوامع در گونه‌های مختلف شده است. تاکنون از روش‌های مختلفی برای بررسی ساختار جمعیتی با استفاده از نشانگرهای موجود در کل ژنوم استفاده شده است که هرکدام نقاط ضعف و قوتی دارند. در بررسی حاضر از خوشه‌بندی شبکه‌ای بدون نظارت یا SPC که روشی مبتنی بر د...

متن کامل

طبقه بندی نظارت شده جوامع گیاهی شمشاد هیرکانی با استفاده از شبکه عصبی مصنوعی

در این پژوهش، کاربرد روش شبکه عصبی مصنوعی یا MLP در فرآیند تخصیص رلوه- گروه‌ها/جوامع‌گیاهی با استفاده از پایگاه اطلاعاتی ترکیب‌گیاهی جنگل‌های شمشاد هیرکانی (Buxus hyrcana Pojark.) ارزیابی شد. برای این منظور، نخست گروه‌های بوم‌شناختی و جامعه‌شناختی شمشاد هیرکانی به ترتیب با استفاده از نتایج دو روش عددی TWINSPAN و تجربی براون-بلانکه تعیین شد. نتایج هر دو دارنگاره عددی و تجربی طبقه‌بندی مشتمل بر 7...

متن کامل

بررسی تغییرات ژنتیکی جوامع پده با استفاده از آنزیم پراکسیداز

گونه پده (Populus euphratica Oliv.) به طور طبیعی در مناطق گسترده ای از ایران انتشار یافته و بومی مناطق خشک و نیمه خشک است. تنوع جغرافیایی و اقلیمی در گستره انتشار این گونه سبب شده تا تفاوتهایی از نظر مورفولوژیکی و ژنتیکی میان درختان در رویشگاههای مختلف حاصل گردد. بررسی ایزوآنزیمی با استفاده از آنزیم پراکسیداز برای تعیین تغییرات ژنتیکی جوامع پده  درباره 110 نمونه از برگ در یازده رویشگاه طبیعی که...

متن کامل

ارزیابی تنوع ژنتیکی شاه‌بلوط اروپایی Castanea sativa در جوامع مختلف استان گیلان با استفاده از نشانگرهای SSR

بررسی تنوع ژنتیکی برای شناسایی ژنوتیپ‌های برتر، نخستین گام در هر برنامة پایش و گسترش پایدار کشت گونه‌های گیاهی است. در این پژوهش، تنوع و ساختار ژنتیکی سه جمعیت شاه‌بلوط اروپایی (Castanea sativa Mill.) دربرگیرندة 41 ژنوتیپ در استان گیلان با بهره‌گیری از نشانگرهای SSR بررسی شد. استخراج DNA از برگ‏های جوان به روش CTAB و سپس تکثیر با 14 آغازگر ریزماهواره به روش PCR انجام گرفت. فرآورده‌های ...

متن کامل

بهبود طبقه بندی بدون نظارت تصاویر فراطیفی با استفاده از مدل خوشه بندی فازی gustafson-kessel

مدل های خوشه بندی c-means یکی از پرکاربردترین شیوه های طبقه بندی نظارت نشده در آنالیز داده ها به شمار می­رود. مدل فازی این روش، یعنی fuzzy c-means، یکی از مشهورترین مدل هایی است که در آن هر داده با یک مقدار درجۀ عضویت بین 0 و 1، به هر یک از خوشه ها اختصاص داده می­شود. این مدل خوشه بندی جهت طبقه بندی داده های سنجش از دوری بسیار استفاده شده است. مدل fuzzy c-means از فاصلۀ اقلیدسی جهت خوشه بندی اس...

متن کامل

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

متن کامل

منابع من

با ذخیره ی این منبع در منابع من، دسترسی به آن را برای استفاده های بعدی آسان تر کنید


عنوان ژورنال:
علوم دامی ایران

ناشر: پردیس کشاورزی و منابع طبیعی دانشگاه تهران

ISSN 2008-4773

دوره 46

شماره 3 2015

میزبانی شده توسط پلتفرم ابری doprax.com

copyright © 2015-2023